Не минуло й доби з тих пір, як ви врятували президента США з мексиканської землі, а ви і інші члени вашої команди "Привид" вже на шляху додому. Потім дзвонить генерал і дає вам наступне завдання: група терористів заклала дві брудні бомби (звичайні вибухові склади в поєднанні з радіоактивним матеріалом) недалеко від міста Хуарес. Ваша мета як капітана Мітчелла - в черговий раз врятувати становище разом з трьома товаришами по команді.
Як і в попередній грі Tom Clancy's Ghost Recon: Advanced Warfighter, ви бачите капітана Мітчелла зі спини, в той час як ви командуєте своїми товаришами по команді прямо через крос-ком для виконання поставлених завдань, таких як підрив групи протиповітряних засобів, а потім наліт на аванпост повстанців. Для цього у вашому розпорядженні звичайна зброя команди "Привид", така як MR-C, яким ви можете оснастити себе і свою команду перед початком місії, а в деяких моментах навіть під час її виконання. У вас також є доступ до тактичної карти, яка дозволяє побачити вигляд з повітря на поточний рівень.
Повернулися чотири багатокористувацьких режими з попередньої гри: Кооперативна кампанія, Deathmatch, Team Deathmatch і Hamburger Hill, в якому команді необхідно утримувати центральну зону картки протягом певного часу.