Batman: Arkham Origins Blackgate - це гра у жанрі 2.5D, дія якої відбувається через три місяці після подій Batman: Arkham Origins. Бетмен ловить Жінку-кішку, коли вона намагається вкрасти підприємство, і під час зустрічі їх переривають охоронці, котрі не хочуть, щоб Бетмен втручався. Після погоні, яка також є навчальним посібником, він дізнається від Жінки-кішки, що в'язниця Аркхем Блекгейт була захоплена Чорною Маскою, Джокером та Пінгвіном. Кожен із них контролює різні частини в'язниці (промисловий комплекс, адміністрація та тюремні блоки відповідно) та бере заручників. Бетмен відправляється всередину, щоб відновити порядок, і може вибрати, яку область зайнятися насамперед.
Гра ведеться на 2D-площині, але з можливістю переміщення вгору та вниз. Є також багато епізодів, наприклад, при використанні гака в поєднанні з різними ракурсами камери, в яких Бетмен, здається, рухається, як при повному тривимірному русі, і в багатьох кімнатах є кілька точок огляду. Гра запозичує багато механіків з основних ігор серії. Під час бою Бетмен може бити, штовхати, контратакувати, ухилятися та складати комбінації. Гак використовується для швидкого переміщення. Він також може бігати, стрибати, висіти на уступах (і робити звідти тейкдауни) та шиммі. Дотиком до екрану та утримуванням його активується аналізатор для сканування області. Це може виділяти важливі об'єкти для прогресу, і Бетмен може, наприклад, взаємодіяти з ними, кидаючи бетаранг. Детективний режим активується, щоб виділити об'єкти жовтим, а ворогів червоним, проводячи пальцем (Vita) або використовуючи круглу панель (3DS). У цьому режимі також можуть бути виявлені підказки для вирішення побічних таємниць, а іноді це єдиний спосіб отримати доступ до додаткових WayneTech. Бетмен може перемикатися між цілями, відстежувати їх і, наприклад, атакувати з повітря за допомогою ковзного удару.
Запозичуючи елементи з жанру метродвовання, гра вимагає повернення, щоб відкрити нові маршрути, коли були знайдені певні предмети, такі як вибуховий гель або беткоготь, на додаток до бетарангу, наданого на початку гри. Існує невелика кількість скритності, але зазвичай це засіб вирішення головоломок, заснований на навколишньому середовищі (тобто не бути вбитим миттєво), а не альтернативний підхід. Бетмен може, наприклад, спуститися по кроквах або сховатись у каналізаційних воротах. Є битви з босами віч-на-віч, і вони значною мірою залежать від швидких подій. Також є вороги, яких немає в основній грі Origins, такі як Жінка-кішка та Бронзовий тигр. Кат-сцени показані у вигляді нерухомих мальованих зображень з озвучкою та невеликою анімацією.