Shinobido 2: Revenge of Zen - це продовження Shinobido: Way of the Ninja і, як і оригінальна гра, є стелс-екшен, схожий на серію Tenchu.
У грі головний герой Дзен опиняється у центрі боротьби за владу у провінції Утаката у стародавній Японії через шість місяців після подій попередньої гри. Існують три протиборчі фракції, очолювані дайме Ітідзе, леді Кіхан та Казамою. Сам Дзен знаходиться в особистому пориві помсти, розшукуючи Шу Кіпаріса, який не тільки вбив його дівчину, але й загрожує відкрити браму пекла, зібравши усі Дзеркала Тенма. Дзен намагається знайти їх раніше Шу і тому змушений миритися з конфліктом, що продовжується. Якоїсь миті йому на допомогу приходить Каеде, буквально живе дзеркальне відображення його дівчини. З цього моменту вона також є грабельним персонажем, крім основних сюжетних місій.
Гра складається в основному з напіввипадкових місій, які гравець може виконувати за будь-якого воєначальника, щоб змінити баланс сил у провінції Утаката. Існує безліч різних типів місій: супровід возів із волами, напад на візки з волами, крадіжки різних типів, викрадення, а також порятунок, місії охоронців, усунення тощо. Успішне виконання місій може призвести до послаблення одного воєначальника (наприклад, його запасів продовольства або військової потужності) та допомоги іншому (наприклад, збільшення запасів продовольства або військової розвідки). Це також може призвести до зміни вашого становища у відносинах із воєначальниками. Якщо військова сила одного воєначальника дуже низька, гравець матиме можливість або виконати місію із захисту воєначальника від нападів, або вбити його. Допоки у грі залишається більше одного воєначальника, буде постійний потік нових місій, що теоретично може продовжити гру до нескінченності. Реальний прогрес у грі досягається шляхом виконання сюжетних місій, які зазвичай розблоковуються у міру виконання завдань для воєначальників. З погляду геймплея немає жодних реальних відмінностей від місій за воєначальників, крім включення бос-боїв.
Усі місії відбуваються на певній кількості відносно великих відкритих карт, що включають палаци та міста, а також гірські райони та села. Як і її попередниця, це в основному стелс-гра, Зен досить слабкий в бою, але може швидко і безшумно пересуватися рівнями за допомогою високих і далеких стрибків, а пізніше в грі також з'явиться здатність ковзання. У грі також є система ремесел, що дозволяє створювати різні предмети: зілля для збільшення здоров'я тощо, пастки, такі як отруєні суші, бомби та міни. Різні способи отримання предметів - це покупка або збирання їх на рівнях (наприклад, у вигляді лута, що випадає з охоронців, що впали). Ще один RPG-аспект у гру додає система вирівнювання статів, що дозволяє збільшувати здоров'я, силу та ін. при підвищенні рівня, оскільки виконані місії приносять як гроші, а й XP.