Shinobido 2: Revenge of Zen - это продолжение Shinobido: Way of the Ninja и, как и оригинальная игра, представляет собой стелс-экшен, похожий на серию Tenchu.
В игре главный герой Дзен оказывается в центре борьбы за власть в провинции Утаката в древней Японии спустя шесть месяцев после событий предыдущей игры. Существуют три противоборствующие фракции, возглавляемые даймё Итидзё, леди Кихан и Казамой. Сам Дзэн находится в личном порыве мести, разыскивая Шу Кипариса, который не только убил его девушку, но и угрожает открыть врата ада, собрав все Зеркала Тенма. Дзэн пытается найти их раньше Шу и поэтому вынужден мириться с продолжающимся конфликтом. В какой-то момент ему на помощь приходит Каэдэ, буквально живое зеркальное отражение его девушки. С этого момента она также является играбельным персонажем, за исключением основных сюжетных миссий.
Игра состоит в основном из полуслучайных миссий, которые игрок может выполнять за любого из военачальников, чтобы изменить баланс сил в провинции Утаката. Существует множество различных типов миссий: сопровождение повозок с волами, нападение на повозки с волами, кражи различных типов, похищения, а также спасение, миссии телохранителей, устранение и т.д. Успешное выполнение миссий может привести к ослаблению одного военачальника (например, его запасов продовольствия или военной мощи) и помощи другому (например, увеличению запасов продовольствия или военной разведки). Это также может привести к изменению вашего положения в отношениях с военачальниками. Если военная сила одного военачальника очень низкая, у игрока будет возможность либо выполнить миссию по защите военачальника от нападений, либо убить его. До тех пор, пока в игре остается более одного военачальника, будет постоянный поток новых миссий, что теоретически может продлить игру до бесконечности. Реальный прогресс в игре достигается путем выполнения сюжетных миссий, которые обычно разблокируются по мере выполнения заданий для военачальников. С точки зрения геймплея нет никаких реальных отличий от миссий за военачальников, кроме включения босс-боев.
Все миссии проходят на определенном количестве относительно больших открытых карт, включающих дворцы и города, а также горные районы и деревни. Как и ее предшественница, это в основном стелс-игра, Зен довольно слаб в бою, но может быстро и бесшумно передвигаться по уровням с помощью высоких и дальних прыжков, а позже в игре также появится способность скольжения. В игре также есть система ремесел, позволяющая создавать различные предметы: зелья для увеличения здоровья и т.д., ловушки, такие как отравленные суши, бомбы и мины. Различные способы получения предметов - это покупка или сбор их на уровнях (например, в виде лута, выпадающего из упавших охранников). Еще один RPG-аспект в игру добавляет система выравнивания статов, позволяющая увеличивать здоровье, силу и т.д. при повышении уровня, поскольку выполненные миссии приносят не только деньги, но и XP.