Колеги по команді ніндзя Наруто Узумакі та Сакура Харуно возз'єдналися після двох з половиною років тренувань з метою отримати свого друга Саске Учіху, який перебрався з їхнього села, щоб полювати на свого брата. Шлях досягнення Саске має багато перешкод для молодих ніндзя та їхніх друзів, однак, коли вони повинні протистояти злочинній організації: Акацукі, частиною якої є Ітачі Учіха. Складений із дев'яти злочинних ніндзя на чолі з Пейном, Акацукі поставив перед собою мету досягти світового панування, захопивши численних хвостатих звірів з джинчурікі, людей, які утримують звірів, запечатаних у них. Одним з них є Наруто, володар Дев'ятохвостого Демона-Лисиці, що робить його головною мішенню організації. Тим часом Саске формує команду здібних ніндзя, щоб вистежити і вбити свого брата Ітачі.
Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 2 - це гра, заснована на аніме Naruto: Shippuden, що включає дев'ять глав, які висвітлюють історію від першого епізоду до 175-го. Історія прогресує через серію одиночних або командних боїв. Битви ведуться між ніндзя, які заряджають чакру для виконання атаки дзюцу. Предмети можна використовувати в бою, попередньо встановивши для них одну з кнопок напрямку. Для виконання дзюцу можна закликати допоміжних персонажів, які підпадають під три категорії: Захист, Атака та Збалансований. Драйв підтримки створюється після достатньої кількості викликів персонажів підтримки, і в цьому випадку можна виконати командне дзюцу, яке споживає велику кількість чакри персонажа гравця і завдає супернику значної шкоди. На додаток до битв є сегмент вільного роумінгу, де персонаж гравця може подорожувати між точними зображеннями різних місць, показаних в аніме, виконуючи побічні квести, збираючи матеріали та купуючи предмети в магазинах.