Всі персонажі з перших трьох ігор Mortal Kombat повертаються для вирішальної битви. Ви можете грати за Кано, Рептилію, Міліну, Кунг Лао, Шанг Цунга, Сіндела, Скетора, Страйкера, Нічного вовка, Шиву, Кітану, Скорпіона, Соню, Смока (Кібер-ніндзя), Дощ, Джейд, Барака, Джонні Кейдж, Ермак, Ноб Сайбот, Сaб-Зеро (без маски), Сaб-Зеро (класичний), Джекс, Рейден, Сайракс, Лю Кан, Смок (людина), Кабал, Горо, Кінтаро, Мотаро або Шао Кан.
Ця гра являє собою поєдинки з бойових мистецтв один на один. Гравець може вибирати з більш ніж тридцяти різних персонажів, кожен з яких має свій власний стиль бою і свої особливі прийоми. Трилогія відрізняється від інших ігор тим, що в ній можна грати такими комбінаціями людей, які в інших іграх неможливі, наприклад, старий Лю Кан проти нового Лю Кана і т.д.