Все персонажи из первых трех игр Mortal Kombat возвращаются для решающей битвы. Вы можете играть за Кано, Рептилию, Милину, Кунг Лао, Шанг Цунга, Синдела, Скетора, Страйкера, Ночного волка, Шиву, Китану, Скорпиона, Соню, Смока (Кибер-ниндзя), Дождь, Джейд, Барака, Джонни Кейдж, Эрмак, Ноб Сайбот, Сaб-Зеро (без маски), Сaб-Зеро (классический), Джекс, Рейден, Сайракс, Лю Кан, Смок (человек), Кабал, Горо, Кинтаро, Мотаро или Шао Кан.
Эта игра представляет собой поединки по боевым искусствам один на один. Игрок может выбирать из более чем тридцати различных персонажей, каждый из которых имеет свой собственный стиль боя и свои особые приемы. Трилогия отличается от других игр тем, что в ней можно играть такими комбинациями людей, которые в других играх невозможны, например, старый Лю Кан против нового Лю Кана и т.д.