Під час подій двох попередніх ігор Кланка викрадають таємничі Зони, очолювані злим лиходієм доктором Нефариусом, і Рэтчет почуває себе самотнім у велетенському всесвіті. Разом з капітаном Кварком і Талвіном він вирушає на пошуки, щоб врятувати Кланка з лап Нефариуса. По дорозі він дізнається правду про своє минуле в Ломбаксе і таємниці часу, що зберігаються у Великому годиннику.
Геймплей такий же, як і в інших платформерах серії, в яких треба вирішувати головоломки. Рэтчет подорожує по різних планетах, розбиває ящики, добуваючи болти і покращуючи різну зброю у своєму арсеналі, перемагаючи ворогів і використовуючи такі пристосування, як ховерботы і рогатка.
У грі є декілька нових ігрових механік, таких як космічні польоти і можливість маніпулювати часом. Рэтчет може вільно літати на своєму кораблі в космосі, що дозволяє йому зупинятися на місяцях і отримувати спеціальні предмети, які там зберігаються. Кланк тепер може маніпулювати часом: за допомогою нової палиці він може перемотувати час тому і записувати свої дії, що допоможе йому обдурити поганих хлопців і вирішити головоломки.