Після того, як Лорд Мей-О зазнав поразки в Тенчу: Стелс-убивці, Рікімару залишили у фортеці Лорда Мей-О, несучи гігантський валун, щоб забезпечити шлях втечі Аяме та принцесі Кіку. Схоже, він потрапив у пастку і залишився мертвим. Аяме встромила меч Рікімару, "Ізайой" (він бачиться, як він витягує цей меч у відкритій CG Гніву Неба) у сніг як пам'ятник її колезі ніндзя, який зараз вважається мертвим. Через рік Рікімару повідомляє лорду Гохді, що йому вдалося пережити цей смертельний досвід; невідомо їм, справжній Рікімару опинився у пастці 20-го століття, намагаючись знайти шлях назад у свій час.
Сюжет гри відбувається по-різному в залежності від обраного персонажа, але з'єднується в певних моментах. Історія обертається переважно навколо повернення Рікімару та боротьби за Три коштовності, які, як кажуть, дають силу тим, хто ними володіє. Це дорогоцінні камені неба, землі та чесноти. Тенраї, злий чарівник, який хоче взяти їх у свої руки, наказує групі своїх людей забрати коштовності у того, хто ними володіє. Однак, зустрівшись з Рікімару, він, здається, зацікавився його силою і намагається переконати його приєднатися до своїх людей. Рікімару відмовляється, і вони з Аяме стикаються з кожним із них. Одним з чоловіків в арсеналі Тенраї є Онікаге, який служить йому лише для реалізації свого плану відродження Мей-О (його колишнього господаря) і Тацумару (колишнього лідера клану ніндзя Азума, якого Тенрай відродив). Рікімару та Аяме слідують за Тенраєм у його фортецю, щоб перешкодити йому знищити світ, використовуючи силу, отриману від двох коштовностей. Якщо його вдасться перемогти, мир повернеться на землю Гохди.