Мастер подбора игры
После того, как лорд Мей-О был побежден в Tenchu: Stealth Assassins, Рикимару остался в крепости лорда Мей-О, неся гигантский валун, чтобы обеспечить путь к отступлению для Аяме и принцессы Кику. Кажется, он попал в ловушку и оставлен умирать. Аяме воткнула меч Рикимару «Изаёй» (он показан вытаскивающим этот меч в начальной компьютерной игре Wrath of Heaven) в снегу как памятник своему товарищу-ниндзя, который теперь считается мертвым. Год спустя Рикимару сообщает лорду Гохде, что ему удалось пережить этот околосмертный опыт; без их ведома, настоящий Рикимару оказался в ловушке 20 века, пытаясь найти путь назад в свое время.
Сюжет игры раскрывается в зависимости от выбранного персонажа, но в определенных точках соединяется. История вращается в основном вокруг возвращения Рикимару и борьбы за Три Драгоценности, которые, как говорят, дают силу тем, кто ими владеет. Это Драгоценности Неба, Земли и Добродетели. Тенрай, злой волшебник, который хочет заполучить их, приказывает группе своих людей забрать Драгоценности у того, кто ими владеет. Однако после встречи с Рикимару он, кажется, заинтересован в его силе и пытается убедить его присоединиться к своим людям. Рикимару отказывается, и он и Аяме сталкиваются с каждым из них. Один из людей в арсенале Тенрая — Оникаге, который служит ему только для реализации его плана возрождения Мей-О (его бывшего хозяина) и Тацумару (бывшего лидера клана Ниндзя Адзума, которого воскресил Тенрай). Рикимару и Аяме следуют за Тенраем в его крепость, чтобы помешать ему уничтожить мир, используя силу, полученную от двух Драгоценностей. Если его удастся победить, мир будет возвращен на землю Гохда.
