Скубі, Шеггі, Фред, Дафна і Вільма приїжджають до "Містичної садиби", щоб зустрітися з подругою Дафни Холлі. Там вона розповідає, що її дядько-винахідник пропав безвісти. Незабаром зникають і інші члени банди, і ви, як Скубі, повинні знайти їх усіх, а по дорозі розгадати таємницю Натхненника. Цей хлопець повернув банді старих лиходіїв і, ймовірно, є причиною всього цього хаосу.
На рівнях вам доведеться бігати, стрибати і розгойдуватися, весь час знищуючи лиходіїв, збираючи закуски для Скубі і знаходячи таємні ходи. Ви також повинні знайти спеціальні винаходи, розкидані по всьому місцю, які можуть дати Скубі додаткові можливості.