Скуби, Шегги, Фред, Дафна и Вилма приезжают в "Мистическое поместье", чтобы встретиться с подругой Дафны - Холли. Там она объясняет, что ее дядя-изобретатель пропал. Вскоре пропадают и остальные члены банды, и Скуби в одиночку должен найти их всех и попутно разгадать тайну Мастермайнд. Этот парень воскресил старых злодеев банды и, возможно, является причиной всего этого хаоса.
На уровнях вам предстоит бегать, прыгать и качаться, одновременно уничтожая злодеев, собирая закуски скуби и находя секретные проходы. Вам также предстоит найти специальные изобретения, разбросанные по всей локации, которые могут дать Скуби дополнительные возможности.