TMNT знову повертаються, щоб битися зі Шреддером. Гра має той самий зовнішній вигляд і схему управління, як і попередні дві гри. Так само, як і попередня гра, це екшен у стилі beat-em up.
У гру можна грати із 3 друзями. У грі є кілька різних місій, у яких черепашки борються з Трицератонами, щоб знайти зниклого Фугітоїда і запобігти їхній облогі Землі. Одночасно на екрані можуть бути всі 4 черепахи. Разом з іншими черепахами ви можете здійснювати групові атаки, щоб атакувати ціль та виконувати спеціальні прийоми. Крім того, в грі є режим максимальної черепахи, в якому ваша черепаха стає тимчасово невразливою і легко знищити безліч ворогів.
Збираючи спеціальні предмети, наприклад кристали, ви можете покращувати своїх черепах, даючи їм нові прийоми та спеціальні рухи.