Продовження оновленого Beats 'em 2003 року, Teenage Mutant Ninja Turtles 2: Battle Nexus налаштовує квартет черепах на чергову пригоду з другого сезону серіалу, на цей раз дозволяючи всій команді працювати разом у багатокористувацькому режимі для 4 гравців.
Кожна черепаха тепер має свої власні унікальні здібності та особливі бойові дії, які відповідають її особистості: наприклад, керування перемикачами та комп’ютерами, або переміщення або руйнування нерухомих об’єктів. В одиночному режимі гравці можуть переключати черепах на льоту, щоб виконувати різні завдання. На деяких рівнях черепахи також мають гоночні ділянки по різних місцевостях.
По мірі того, як гравці просуваються в грі, вони можуть знаходити секретні предмети, здібності та посилення, включаючи оригінальну аркадну гру Teenage Mutant Ninja Turtles Ninja Turtles.