Продолжение обновленной игры «beat 'em up» 2003 года, Teenage Mutant Ninja Turtles 2: Battle Nexus, отправляет квартет черепах в новое приключение из второго сезона сериала, на этот раз позволяя всей команде работать вместе в многопользовательском режиме для 4 игроков.
У каждой черепахи теперь есть свои уникальные способности и особые боевые приемы, которые соответствуют их индивидуальности: например, управление переключателями и компьютерами, перемещение или уничтожение неподвижных объектов. В однопользовательском режиме игроки могут переключать черепах на лету, чтобы выполнять различные задачи. На некоторых уровнях черепахи также участвуют в гонках по различным ландшафтам.
По мере прохождения игры игроки могут находить секретные предметы, способности и усиления, включая оригинальную аркадную игру «Черепашки-ниндзя» конца 1980-х годов.