Продолжение обновленной игры beat 'em up 2003 года, Teenage Mutant Ninja Turtles 2: Battle Nexus отправляет четверку черепах в еще одно приключение из второго сезона сериала, на этот раз позволяя всей команде работать вместе в многопользовательском режиме для 4 игроков.
У каждой черепахи теперь есть свои уникальные способности и специальные боевые приемы, которые соответствуют их характеру: например, управление переключателями и компьютерами, перемещение или уничтожение стационарных объектов. В однопользовательском режиме игроки могут переключать черепах на лету, чтобы выполнять различные задачи. На некоторых уровнях у черепах также есть гоночные участки по разным ландшафтам.
По мере прохождения игры игроки могут находить секретные предметы, способности и бонусы, включая оригинальную аркадную игру «Черепашки-ниндзя» конца 1980-х годов.