Хоча Spider-Man: Web of Shadows має деякі спільні риси з попередніми іграми про Людину-павука, вона також має багато відмінностей, у тому числі відсутність зв'язку з фільмом.
У флешбеку на початку гри показано, як під час сутички з Веном до Людини-павука прикріплюється симбіонт, що надає йому великої сили. Потім людина-павук зустрічає Люка Кейджа, який допомагає навчити його перемагати міські банди. Під час спроби врятувати лідерів банд від убивць, Людина-павук зазнає нападу жителів, які перебувають під контролем симбіонту. Симбіонт тероризує місто, поширюючись та прикріплюючись до безневинних жителів. Людина-павук розпочинає пошуки порятунку Нью-Йорка.
Він бачить, як епідемія захльостує вулиці внизу, і з величезною швидкістю і спритністю проноситься над будинками та між ними, вистежуючи лиходіїв. Не бійтеся падати з будинків, тому що Людина-павук, схоже, не постраждає від падіння. Коли на вас нападають, натискання кнопки X дозволяє людині-павуку завдавати ударів і перемагати. У гравця є можливість легко міняти костюми, в яких ви можете перемогти поганих хлопців як червоний спайді, використовуючи свою павутину, або чорний спайді, використовуючи вусики симбіонта. Інші руйнівні комбо-атаки однакові незалежно від кольору костюма. Вибір одного кольору костюма на користь іншого – це скоріше особистий вибір гравця для кожного бою, який не впливає на результат гри. Однак у ході гри гравцеві доведеться приймати рішення, рівнозначні моралі Людини-павука у червоному чи чорному костюмі. Вибір, зроблений у ці моменти, призведе гравця до різних кінцівок, залежно від обраного шляху. Окуляри заробляються в міру боротьби зі злочинністю та просування вперед, що допомагає покращувати прийоми та дії.