The Bourne Conspiracy - це гра від 3-ї особи зі швидким темпом дії, що поєднує стрілянину, трохи водіння (один рівень) та рукопашний бій. Гравець керує Джейсоном Борном, найманим убивцею, який намагається розкрити своє минуле після поранення та втрати пам'яті під час провалу місії під Марселем, і тепер розшукується своїми колишніми роботодавцями.
Ключовим компонентом гри є функція "Інстинкт Борна", яка дозволяє йому розпізнавати загрози та цілі, а також виконувати руйнівні прийоми захоплення, використовуючи довкілля. Коли ви успішно стріляєте у ворогів, наносите удари руками і ногами по противниках або ламаєте об'єкти, що руйнуються, своїм автомобілем, лічильник адреналіну заповнюється; як тільки один із трьох сегментів заповниться, ви можете здійснити захоплення однією кнопкою і позбавитися одного з ворогів, або почекати, поки набереться кілька сегментів, щоб нейтралізувати відразу кількох противників. На рівні керування "Інстинкт Борна" використовується для уповільнення руху на кілька секунд, що дозволяє вам легше уникнути пробок.
Бойова система працює так: одна кнопка викликає легку атаку, інша - більш важку, а третя використовується для блокування. Змішуючи перші дві кнопки, можна скласти вісім різних комбо. Іноді в середині бою лунає звукове попередження про те, що противник збирається провести тейкдаун: тоді гравець має всього пару секунд, щоб натиснути кнопку, що відповідає миготливій індикації на екрані, і парирувати удар. Ці швидкі події також є у ряді інтерактивних сцен, де потрібно натиснути відповідні кнопки в потрібний проміжок часу, інакше місія буде провалена.
Деякі місії повторюють дії, показані у фільмі "Ідентифікація Борна" (наприклад, втеча з посольства в Цюріху або погоня в Парижі на Mini Марі), тоді як інші являють собою флешбеки з Борном у той час, коли він був холоднокровним вбивцею, що працює на Treadstone. У більшості рівнів скрізь валяються паспорти, зібравши які, ви відкриєте бонусні можливості: деякі концепт-арти, музичні композиції, а також можливість переграти кінокартини та битви з босами прямо з головного меню.