The Bourne Conspiracy - это игра от 3-го лица с быстрым темпом действия, сочетающая стрельбу, немного вождения (один уровень) и рукопашный бой. Игрок управляет Джейсоном Борном, наемным убийцей, который пытается раскрыть свое прошлое после ранения и потери памяти во время провала миссии под Марселем, и теперь разыскивается своими бывшими работодателями.
Ключевым компонентом игры является функция "Инстинкт Борна", которая позволяет ему распознавать угрозы и цели, а также выполнять разрушительные приемы захвата, используя окружающую среду. Когда вы успешно стреляете во врагов, наносите удары руками и ногами по противникам или ломаете разрушаемые объекты своим автомобилем, счетчик адреналина заполняется; как только один из трех сегментов заполнится, вы можете совершить захват одной кнопкой и избавиться от одного из врагов, или подождать, пока наберется несколько сегментов, чтобы нейтрализовать сразу нескольких противников. На уровне вождения "Инстинкт Борна" используется для замедления движения на несколько секунд, что позволяет вам легче избежать пробок.
Боевая система работает следующим образом: одна кнопка вызывает легкую атаку, другая - более тяжелую, а третья используется для блокировки. Смешивая первые две кнопки, можно составить восемь различных комбо. Иногда в середине боя раздается звуковое предупреждение о том, что противник собирается провести тейкдаун: тогда у игрока есть всего пара секунд, чтобы нажать кнопку, соответствующую мигающей индикации на экране, и парировать удар. Эти быстрые события также присутствуют в ряде интерактивных сцен, где нужно нажать соответствующие кнопки в нужный промежуток времени, иначе миссия будет провалена.
Некоторые миссии повторяют действия, показанные в фильме "Идентификация Борна" (например, побег из посольства в Цюрихе или погоня в Париже на Mini Мари), в то время как другие представляют собой флэшбэки с Борном в то время, когда он был хладнокровным убийцей, работающим на Treadstone. В большинстве уровней повсюду валяются паспорта, собрав которые, вы откроете бонусные возможности: некоторые концепт-арты, музыкальные композиции, а также возможность переиграть кинокартины и битвы с боссами прямо из главного меню.