Генрі Тауншенд живе в невеликій квартирі в Південному Ешфілді, сусідньому містечку сумнозвісного Сайлент Хілла. В одну дивну ніч Генрі сниться жахливий кошмар з подіями, що повторюються: його телефон розрядився, вікна запечатані, а сусіди не чують його. Він дивиться на свої двері, але бачить, що вони заблоковані кількома товстими металевими ланцюгами. До дверей приколота записка: "Не виходь!". Підписано її лише людиною на ім'я Уолтер. Генрі досліджує свою квартиру, намагаючись зрозуміти, що відбувається, коли помічає величезну дірку у стіні ванної кімнати. Генрі проходить через дірку, але знаходить портал, який веде його до альтернативних вимірів. Сподіваємося, Генрі дізнається правду про свою квартиру, кімнату 302, і залишиться живим.
Silent Hill 4: The Room схожа на минулі ігри щодо атмосфери. Гра похмура і передчуваюча, що ніколи не дозволяє гравцеві дізнатися, що ховається за наступним кутом або на сусідній вулиці. У цій частині серії з'явилося багато нових можливостей. Генрі ніколи не залишає свою квартиру: він використовує дивний портал для подорожі до альтернативних вимірів, включаючи лікарню, командний центр культу в глибині лісу та в'язницю. Крім традиційного виду від третьої особи, тепер є режим від першої особи, який використовується для керування Генрі, коли він знаходиться у своїй квартирі. Об'єкти, з якими можна взаємодіяти, виділено піктограмами очних яблук.
Попередні ігри серії були в основному присвячені дослідженню міста та вирішенню головоломок; у цій частині набагато більше бойових дій. Тут більше ворогів на певній території, більше вузьких місць та тісних просторів. Генрі в основному використовує стандартний для Silent Hill арсенал зброї, такий як сталева труба, пістолет та (нове для цієї гри) ключка для гольфу.