Генри Тауншенд живет в небольшой квартире в Южном Эшфилде, соседнем городке печально известного Сайлент Хилла. В одну странную ночь Генри снится ужасный кошмар с повторяющимися событиями: его телефон разрядился, окна запечатаны, а соседи не слышат его. Он смотрит на свою дверь, но видит, что она заблокирована несколькими толстыми металлическими цепями. К двери приколота записка: "Не выходи!". Подписана она только человеком по имени Уолтер. Генри исследует свою квартиру, пытаясь понять, что происходит, когда замечает огромную дыру в стене ванной комнаты. Генри проходит через дыру, но находит портал, который ведет его в альтернативные измерения. Надеемся, Генри узнает правду о своей квартире, комнате 302, и останется жив.
Silent Hill 4: The Room похожа на прошлые игры в плане атмосферы. Игра мрачная и предчувствующая, никогда не позволяющая игроку узнать, что скрывается за следующим углом или на соседней улице. В этой части серии появилось множество новых возможностей. Генри никогда не покидает свою квартиру: он использует странный портал для путешествия в альтернативные измерения, включая больницу, командный центр культа в глубине леса и тюрьму. Помимо традиционного вида от третьего лица, теперь есть режим от первого лица, который используется для управления Генри, когда он находится в своей квартире. Объекты, с которыми можно взаимодействовать, выделены значками глазных яблок.
Предыдущие игры серии были в основном посвящены исследованию города и решению головоломок; в этой части гораздо больше боевых действий. Здесь больше врагов на определенной территории, больше узких мест и тесных пространств. Генри в основном использует стандартный для Silent Hill арсенал оружия, такой как стальная труба, пистолет и (новое для этой игры) клюшка для гольфа.