У грудні 1998 року, через три місяці після втечі з Раккун-Сіті (показаного в Resident Evil 2) перед його остаточним знищенням (показаним в Resident Evil 3: Nemesis), Клер Редфілд здійснює наліт на об'єкт корпорації Umbrella в Парижі в пошуках свого брата Кріса Редфілда. Виявлена силами безпеки "Амбрелла" і в підсумку захоплена, Клер опиняється у в'язниці на острові Рокфорт, тюремному комплексі, що належить корпорації і розташованому в Південному океані. Через деякий час після арешту Клер звільняэ людина, яка її захопила, і виявляється, що стався спалах Т-вірусу. У хаосі вона об'єднується зі Стівом Бернсайдом, іншим ув'язненим, який намагається втекти.
У грі Resident Evil - Code: Veronica геймплей в стилі survival horror, схожий на попередні ігри серії Resident Evil. У грі присутнє фірмове управління, інтерфейс, головоломки, а також зомбі і монстри, з якими доведеться боротися. На відміну від попередніх ігор серії, в яких використовувалися попередньо відрендерені фони, в Code: Veronica використовується 3D-оточення в реальному часі. Завдяки цьому камера більш динамічна, ніж в попередніх іграх. Камера слідує за гравцем, панорамує і масштабує його, коли він переміщує свого персонажа з навколишнього середовища, подібно до гри Dino Crisis (1999) від Capcom. Історія розповідається через кінематографічні CGI і внутрішньоігрові сцени.