Рю Хаябуса повертається у сиквелі популярного продовження франшизи Ninja Gaiden. Рю вступає в гонку з часом, щоб помститися за свій клан проти клану ніндзя Чорного Павука, щоб запобігти воскресенню Архфієнди та знищенню людської раси.
У його розпорядженні нові здібності та ігрові можливості, включаючи автозцілення, абсолютно нову бойову систему, що потребує повного арсеналу зброї, а також удосконалення зброї з попередньої гри. Бої стали ще кривавішими, ніж раніше, оскільки Рю може ампутувати кінцівки своїм противникам (що може зробити їх ще більш небезпечними) або добити їх прийомом знищення. Починаючи з прийомів низького рівня, можна набувати та вдосконалювати нові здібності та зброю. Як і в попередній грі, перемагаючи ворогів, Рю поглинає есенції, які відновлюють ки або дають гроші. Їх також можна спеціально використовувати для завдання більш потужних ударів. Незважаючи на те, що бої проходять у метушні, вони вимагають від гравця стратегічного підходу, змішаного із заблокованими позиціями та відходом убік.
Ninja Gaiden II також має нову систему точок збереження, різні рівні складності, таблиці лідерів для демонстрації комбо-атак і високих результатів, а також функцію повтору, яку можна використовувати і завантажувати в Інтернет для демонстрації бойових прийомів гравця. У грі чотири рівні складності, а сюжет розвивається за допомогою епізодичних сцен. Є також невеликі головоломки, пов'язані з пошуком шляхів чи ключів.