Як і його попередник, Warrior Within - це 3D-платформер, орієнтований на дослідження та ближній бій. Дизайн рівнів обертається навколо навігації підступним середовищем за допомогою паркуру та рухів у стилі фріранінгу. На відміну від Sands of Time, ігровий світ дуже нелінійний; гравець часто повертається на вже відвідані локації по кілька разів з різних напрямків, часто перетинає часові портали, щоб відвідати одні й ті ж місця в сьогоденні і минулому, щоб знайти шляхи обходу перешкод, які були б непрохідними в окремому часі. Секретні зони можна знайти та дослідити, щоб отримати додаткові очки здоров'я та унікальну зброю, що завершується відкриттям зброї, здатної завдати шкоди дахакам, розблокувавши канонічну кінцівку гри. Крім звичайного платформера, в грі також присутні епізоди, де принц переслідує дахаку і повинен швидко переміщатися по коридорах з пастками, щоб дістатися до безпечного місця. Атмосфера гри відрізняється більш похмурою і грубою тематикою, на відміну від барвистої палітри попередньої гри.
Через сім років після подій The Sands of Time, після того, як він повернув назад руйнівний вивільнення Пісків в палаці Азад, на принца полює істота, зване Дахака, так як принцу було призначено померти після вивільнення Пісків. Звернувшись за порадою до мудреця, принц дізнається, що Піски були створені на далекому острові Імператрицею Часу. Незважаючи на попередження мудреця про зміну долі, принц вирішує відправитися на острів і запобігти створенню Пісків. На корабель принца нападає слуга Імператриці Шахді, але він виживає і викидається на острів. Він переслідує Шахді в руїнах і слідує за нею через часовий портал в минуле, вбиваючи її в бою після того, як виявив, що вона, очевидно, нападає на іншу жінку Кайліну. Незважаючи на те, що зусилля принца марні, Кайліна допомагає йому отримати доступ до тронного залу імператриці. Під час його зусиль його переслідує істота, що називається Піщаним Привидом, яку захоплює і вбиває Дахака. Перед тим, як зіткнутися з імператрицею, принц пропонує Кайліні відвезти її до Вавилону, але вона неохоче відмовляється.