Принц Персії в черговий раз скидає часову шкалу серіалу і знаменує собою початок нової трилогії з принцом про пошуки Фара, свого осла, який завантажений скарбами, які неможливо уявити. Але після піщаної бурі він падає в каньйон і зустрічає Еліку, принцесу з магічною силою. На неї полює армія її батька і вона повинна пробитися до храму під Деревом Життя.
Основний геймплей залишається таким самим, як і в попередній трилогії, коли принц бере участь у боях на мечах, скелелазінні, ухиленні від колосків, вирішенні головоломок тощо, намагаючись врятувати світ. Але на відміну від попередньої трилогії, Принц не може перемотувати час назад, а також не повинен боротися з кількома ворогами одночасно. Натомість вони з Елікою щоразу стикаються з одним сильним ворогом, і якщо Принц ось-ось помре через неправильно розрахований стрибок чи щось подібне, вона використовує свої сили і повертає Принца на початок головоломки. Це не єдине, що вона робить. За командою гравця вона також допомагає в поєдинках, дозволяє йому стрибати на дальші дистанції, даючи йому трохи поштовху в спину в повітрі і показує, яким шляхом йти далі. Еліка також є ключем до повернення Дерева Життя на повну силу. Але для цього їй потрібні так звані "Насіння життя", які розкидані по всіх рівнях. Якщо гравець зібрав їх достатньо, Еліка також стане сильнішою.
Окрім того, що вороги сильніші, розумніші та мають більше особливих здібностей, поєдинки граються подібно до попередніх ітерацій серії, коли Принц рубає ворогів мечем або рукавицею, щоб створити потужні комбо. Рукавиця також дозволяє принцу безпечно сповзати з твердих скель в область нижче. У грі представлені події Quick Time, коли ворог затримав Принца і використовує для персонажів тіньовий і сильно стилізований вигляд.