Після попередньої пригоди, після порятунку галактики і перемоги над головою Дреком, Ретчет (Джеймс Арнольд Тейлор) і Кланк (Девід Кей) стають відомими, хоча в іншому їх життя залишається буденним. Давши інтерв'ю для головізіонного шоу "За героєм", пара раптово виявляється на космічному кораблі, надісланому Аберкромбі Фіззвіджетом (Джим Уорд), засновником і генеральним директором MegaCorp, найбільшого в галактиці виробника споживчих товарів і електроніки, який просить Ретчета допомогти повернути вкрадений біологічний експеримент у злодія в масці, а Кланк пропонує роботу в компанії, і обидва погоджуються на запропоновані можливості. Пройшовши тривалу підготовку на шляху в галактику Богон, Ретчет отримує завдання відправитися в літаючу лабораторію на планеті Аранос, де в останній раз бачили експеримент, але перш ніж він встигає повернути його, злодієві вдається втекти з ним. Доповівши про це Фіззвіджету, Ретчет незабаром починає переслідувати злодія, але отримує відеоповідомлення про те, що злочинець схопив Кланка.
Гравець управляє Ретчет з видом від третьої особи і використовує зброю, щоб перемогти ворогів. Гравець також може використовувати гаджети, щоб досліджувати нові області. Гравець подорожує по планетах галактики "Богон" і виконує основні і додаткові завдання. "Болти", валюта ігрового світу, добуваються в основному шляхом перемоги над ворогами і розбивання ящиків, розташованих на всіх рівнях гри. Going Commando також включає чотири типи "максі-ігор", або міні-ігор. Ці ігри включають битви на арені, битви в сферичному світі, гонки на Ховербайках і космічні гонки / битви. Після завершення гри гравець може також перейти в "режим виклику", який є більш складним, але гравець починає зі зброєю і здоров'ям, які були у нього, коли він закінчив гру в перший раз, також відкриваються додаткові поліпшення зброї.