Splinter Cell – це екшен від третьої особи з упором на скритність, схожий на серію Metal Gear Solid. Гравець перебирає роль Сема Фішера, оперативника секретної організації NSA Black Operation, що входить до складу уряду США. Організація займається дуже секретними завданнями, які часто виконуються підрозділом "Третього ешелону", до якого входить Фішер. Його місії настільки секретні, що якщо його схоплять, уряд заперечуватиме існування цієї організації.
Щоб пересуватися і досягати своєї мети, Фішер використовує різні прийоми. Він може ходити, бігати, присідати, стрибати, спускатися канатом, переміщатися горизонтальними проводами, застібатися на блискавку і здійснювати стрибки з розбігу. Існують різні підходи до знищення ворогів. Він може використовувати зброю, але шум може насторожити охоронців, а це зазвичай ускладнює виконання місій. Противників можна приголомшити, вбити чи підкорити собі. Фішер може, наприклад, зістрибнути зі стелі та збити супротивника з ніг. Деякі вороги потрібні для активації дверей чи паролю. Тому ворогів можна взяти до заручників, приставивши пістолет до їхньої голови. Їх також можна допитувати або використовувати як живий щит.
Серед інших особливостей - можливість заглянути у двері, перш ніж пройти через неї, або використовувати камеру на оптичному кабелі (зміїну камеру), щоб заглянути під землю і перевірити, що там попереду. Оскільки основний акцент робиться на скритність, кількість зброї досить невелика. Є штурмова гвинтівка FN F2000, на яку можна встановити глушник та інші модифікації, та пістолет FN Five-Seven з придушенням. Патрони обмежені, а додаткові кулі – дефіцит. Гравцям пропонується уникати небезпеки, пробираючись через тіні та ховаючись за предметами. Фішер має доступ до світломіра, щоб перевірити, наскільки він помітний, і до приладів нічного бачення, а також до теплових окулярів, щоб бачити у темряві та розрізняти кольори. Серед зброї – кільцеві аеродинамічні снаряди, газові гранати та липкі шокери.