Основний ігровий процес полягає в зборі предметів і перемозі над роботами, які напали на різні райони Бікіні Боттом, при цьому необхідно долати платформи і уникати небезпек, пов'язаних з навколишнім середовищем, таких як шипи і полум'я. У деяких областях необхідно перемогти різних персонажів, оскільки кожен з них має свої унікальні здібності. Гравець може управляти Губкою Бобом, Патріком і Сенді. Для зміни персонажів необхідно знайти автобусну зупинку, при використанні якої поточний персонаж перемикається на іншого, а при повторному використанні - на попереднього, що дає гравцеві можливість мати двох персонажів на кожному рівні. Персонажем за замовчуванням в грі є Губка Боб; Сенді і Патрік не беруть участі в рівнях.
Протягом всієї гри гравець буде збирати блискучі предмети, шкарпетки і золоті шпателі. Блискучі предмети випадають з рук ворогів і розкидані по рівню, їх можна використовувати для оплати молюсками, щоб просуватися по рівнях і відкривати додаткові завдання. Їх також можна обміняти у містера Крабса на золоті шпателі. Шкарпетки знаходяться на рівнях в важкодоступних місцях, і 10 з них можна обміняти у Патріка на золоту лопаточку. Золоті лопатки використовуються для відкриття нових областей в грі, а 75 з них необхідні для бою з фінальним босом.
Новим доповненням до ремейку є багатокористувацький режим "Орда", в якому два гравці стикаються з хвилями роботів-ворогів. Режим включає в себе вирізаний контент з оригінальної гри, включаючи бій з роботом Сквідвардом, вирізану версію сну Патріка і вирізану фазу бою Робо-Спонж-Боба.