Майстер підбору гри
У грі представлені локальні розраховані на багато користувачів битви для 4 гравців, а також персонажі з арки Місії Переслідування Ітачі, включаючи Саске і членів Хебі. Він також включає командні техніки, наприклад, коли Наруто і Джирайя одночасно виконують Расенган. Він включає сюжетну арку, розроблену Cyberconnect2, яка є унікальною для цієї гри, а також звичайну, яка слідує за сюжетною лінією Наруто: Шиппуден, і ту, яка слідує за сюжетом Саске, а також є ексклюзивною аркою під назвою Режим Історії Філлерів, продовженням попередньої арки. У ньому 50 ігрових персонажів, проте персонажі до таймскіпу недоступні.
Повна відповідність аніме-серіалу. Сюжет Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Heroes 3 відповідає історії, розказаній у серіалі Naruto: Shippuden.
Жодних обмежень у мультиплеєрі. Всі відмінні риси ігрового процесу та можливості персонажів доступні в повному обсязі, як в одиночному проходженні, так і при грі по мережі.
Запаморочлива швидкість. Відмінна риса серіалу — динамічні та захоплюючі бої—повністю реалізована у грі, з тією лише відмінністю, що тепер гравець не спостерігає зі сторони, а сам бере участь у дії.
Battle Mode - різноманіття можливостей. Battle Mode — це понад п'ятдесят персонажів, включаючи нещодавно з'явилися в сюжеті аніме-серіалу, різні комбінації в мультиплеєрі, що підтримує до чотирьох осіб (1 vs 1, 1 vs 2, 1 vs 3 і 2 vs 2), а також нові режими та техніки ведення поєдинку.
Сюжетний режим Master Road. Щоб стати справжнім ніндзя, доведеться пройти понад вісімдесят місій, частина з яких повторює епізоди серіалу, а деякі зроблені спеціально для гри. Проходити завдання можна як один, так і з друзями в кооперативному мультиплеєрі. Всі успішні дії винагороджуються новими персонажами та діями, фоновою музикою, картинками та іншими бонусами.
