Dragon Quest Builders 2 - це рольова гра-пісочниця, на відміну від типового для серії Dragon Quest покрокового стилю. Бойова система гри складається з двох ходів: стандартної атаки та "Обертального удару". У грі є можливість для гравців знаходити матеріали та використовувати їх для будівництва будівель та іншого обладнання. Нові можливості, яких не було в попередній грі, включають функцію швидкої подорожі на основі карти в ретро-стилі, необов'язкову перспективу від першої особи, підводне дослідження та планерування.
На відміну від першої Dragon Quest Builders, гра дозволяє до чотирьох гравців грати разом в кооперативі через мережеву гру, а також бездротову гру у версії для Switch. Гравці також можуть передавати свої ігрові дані між сумісними ігровими консолями і отримувати за це спеціальний бонус. Гравці можуть відвідувати світи інших гравців навіть на інших ігрових платформах, але не можуть їх змінювати. Вони також можуть ділитися фотографіями, зробленими в ігровому фоторежимі, та планами будівель, розміщуючи їх на крос-платформній дошці оголошень.
Дія Dragon Quest Builders 2 відбувається через деякий час після подій Dragon Quest II і зосереджується навколо групи під назвою Діти Харгону, які прагнуть помститися за поразку Харгону і Малроту від нащадків Ердріка, забезпечивши знищення всіх будівельників і не дозволивши нікому нічого створювати. Гравці керують чоловіком або жінкою-будівельником, відомим як Герой, якого ця група захоплює на кораблі разом з усіма іншими будівничими світу. Герою вдається втекти, він потрапляє на Острів Пробудження, де зустрічає людину на ім'я Малрот, яка не пам'ятає свого минулого. Малрот допомагає персонажу-гравцю покращити свої будівничі здібності. Відвідавши кілька різних островів і допомігши їхнім мешканцям позбутися віри в те, що творення і будівництво є злом, виявляється, що світ, в якому вони живуть, є ілюзією, створеною Харгоном, щоб захистити душу переможеного Майстра Руйнування, ніким іншим, як Малротом. Після сварки Малрот покидає інших, і Герою доводиться йти за ним в апокаліптичному світі. Після зіткнення з Харгоном герой повинен битися з жахливою справжньою формою Малрота, але людська сторона його чинить опір і дозволяє Герою перемогти і врятувати його. Знищивши разом Харгона і жахливу форму Малрота, Герой і людський Малрот повертаються до своїх друзів і підтримують світ назавжди своїми спільними силами, тепер, коли Малрот навчився ще й будувати.