Напередодні Нового 1958 року Хайман Рот святкував не тільки свій день народження, але і успішну експансію сім'ї Корлеоне, яку ось уже п'ятнадцять років успішно очолює дон Майкл Корлеоне, на Кубу. Але святкування тривало недовго, коли раптово почалася "la revolucion" і почалося справжнє пекло. Майклу і Хайманн вдається врятуватися разом з більшістю інших членів сім'ї, але Альдо Трапані (головний герой "Хрещеного батька") гине - якраз в той момент, коли п'ять нових сімей загрожують контролю сім'ї Корлеоне над Нью-Йорком, Флоридою і Лас-Вегасом. Будучи одним з найближчих солдатів Альдо Трапані, гравець вживається в роль Домініка, щоб допомогти Майклу і сім'ї Корлеоне виграти війну, а також створити свою власну сім'ю.
Озираючись через плече Домініка, гравець вільно переміщається по трьом містам, що зображує Нью-Йорк, Флориду і Кубу кінця 50-х - початку 60-х років, подорожуючи між ними на літаку. Пов'язані основною сюжетною лінією, головною метою Домініка є збільшення своєї сім'ї і знищення п'яти інших сімей. Це робиться в два основних етапи: Захоплення бізнесу і вбивство так званих "Зроблених людей". Захоплення бізнесу відбувається так само, як і в попередниці: Увійдіть в магазин / цех / фабрику / будівельний майданчик, бийтеся з ворожими охоронцями і знайдіть людину з хресним знаком над головою. Саме йому гравець повинен загрожувати до тих пір, поки той не припинить опір і не почне платити внески Домініку, а не іншій родині.