Spider-Man: Edge of Time – це продовження Shattered Dimensions, і, як і в ній, не одна Людина-павук грає головну роль. Це і звичайна, класична "Дивовижна" Людина-павук, і Людина-павук 2099 - в історії, рясніє подорожами в часі, тимчасовими битвами та Анти-Веномом.
Основу цієї історії, здається, становить історія Людини-павука 2099, оскільки він - єдиний персонаж, дійсно обізнаний про те, що відбувається в грі, і про зміни, з якими стикаються обидві Людини-павука. З самого початку все складається похмуро для Дивовижної Людини-павука, яка починає гру майже мертвою, і 2099 - єдиний, хто може допомогти. У гру вступає новий лиходій Вокер Слоун із планом перебудувати минуле (з 2099 року) за своїм образом і подобою, що в результаті торкається обох Людей-павуків. З цього моменту хаос розгортається у типовій для коміксів манері: ігровий процес рівномірно розділений між Amazing Spider-Man та Spider-Man 2099, а кожен другий рівень переплітається з подіями від однієї Людини-павука до іншої.
Сам ігровий процес є досить типовою формулою аркадного стилю, коміксового beat-em-up, що загалом відповідає сучасним beat-em-up іграм. Є велика кількість нових прийомів, які можна вивчити та придбати в меню Upgrades, а також кілька унікальних атак та комбо, оскільки кожна Людина-павук грає дещо по-різному та потребує різних стратегій для бою та використання. Наприклад, Дивовижна Людина-Павук грає трохи сильніше і має більш далекі дистанційні атаки, у той час як 2099 - це все про швидкість. Збираючи золотих павуків, гравці можуть покращити здоров'я та захист Людини-павука, а збираючи енергію порталів, розкидану за рівнями, та у бою, гравці можуть покращити бойові здібності обох персонажів.
Обидва персонажі мають запас витривалості, який дозволяє кожному з них використовувати швидке прискорення або різні потужніші бойові прийоми. Крім того, крім смужок життя та витривалості, що заповнюються при зіткненні з ворогами під час бою, є іконка, що дозволяє використовувати силу, відому як Парадокс часу, яка заморожує час та ворогів в області, що безпосередньо оточує Людину-павука.