Spider-Man: Edge of Time - это продолжение Shattered Dimensions, и, как и в ней, не один Человек-паук играет главную роль. Это и обычный, классический "Удивительный" Человек-паук, и Человек-паук 2099 - в истории, изобилующей путешествиями во времени, временными битвами и Анти-Веномом.
Основу этой истории, кажется, составляет история Человека-паука 2099, поскольку он - единственный персонаж, действительно осведомленный о происходящем в игре, и об изменениях, с которыми сталкиваются оба Человека-паука. С самого начала все складывается мрачно для Удивительного Человека-паука, который начинает игру почти мертвым, и 2099 - единственный, кто может помочь. В игру вступает новый злодей Уокер Слоун с планом перестроить прошлое (с 2099 года) по своему образу и подобию, что в итоге затрагивает обоих Людей-пауков. С этого момента хаос разворачивается в типичной для комиксов манере: игровой процесс равномерно разделен между Amazing Spider-Man и Spider-Man 2099, а каждый второй уровень переплетается с событиями от одного Человека-паука к другому.
Сам игровой процесс представляет собой довольно типичную формулу аркадного стиля, комиксового beat-em-up, в целом соответствующую современным beat-em-up играм. Есть большое количество новых приемов, которые можно изучить и приобрести в меню Upgrades, а также несколько уникальных атак и комбо, поскольку каждый Человек-паук играет несколько по-разному и требует различных стратегий для боя и использования. Например, Удивительный Человек-Паук играет немного сильнее и обладает более дальними дистанционными атаками, в то время как 2099 - это все о скорости. Собирая золотых пауков, игроки могут улучшить здоровье и защиту Человека-паука, а собирая энергию порталов, разбросанную по уровням, и в бою, игроки могут улучшить боевые способности обоих персонажей.
У обоих персонажей есть запас выносливости, который позволяет каждому из них использовать быстрое ускорение или различные более мощные боевые приемы. Кроме того, помимо полосок жизни и выносливости, заполняющихся при столкновении с врагами во время боя, есть иконка, позволяющая использовать силу, известную как Парадокс времени, которая замораживает время и врагов в области, непосредственно окружающей Человека-паука.