Shinobido: Шлях Ніндзя - це стелс-екшен, який можна порівняти з відомою серією Tenchu. Основна ідея гри полягає в тому, щоб виконувати свої місії непомітно для охоронців, сторожових псів і навіть нешкідливих городян. Обережно підкрадатися до ворогів ззаду має вирішальне значення, оскільки ваш персонаж не дуже здатний до прямого бою.
Величезна відмінність від Tenchu полягає в тому, що гра широко нелінійна, а це означає, що ви можете вибирати місії, в яких хочете взяти участь, практично в будь-який момент часу. Існує три поміщики, за яких ви можете приймати місії. Залежно від вашого вибору довіра кожного поміщика до вас збільшується або зменшується. Гра дозволяє використовувати алхімію, за допомогою якої ви можете створювати власне спорядження на кшталт зілля сили і димових шашок. Shinobido також дає вам власну схованку, навколо якої ви можете розмістити прикраси у вигляді різних дерев, а також пастки, щоб завдати удару у відповідь ворогам, що вторглися.
Історія відбувається в японській провінції Утаката в 16 столітті. Ви берете на себе роль ніндзя Го, єдиного вцілілого з клану Азука, який виявляється без свідомості лежачим біля річки, повністю втративши пам'ять. Знайшовши магічний камінь, що містить крихітні фрагменти подій, що відбулися до його пробудження, він вирішує, що єдиний спосіб дізнатися більше про своє минуле - це локалізувати інші камені.