Shinobido: Way of the Ninja - это стелс-экшен, сопоставимый с известной серией Tenchu. Основная идея игры заключается в том, чтобы выполнять миссии незаметно для охранников, сторожевых псов и даже безобидных горожан. Очень важно осторожно подходить к врагам со спины, так как ваш персонаж не очень способен к прямому бою.
Огромное отличие от Tenchu заключается в том, что игра является широко нелинейной, что означает, что вы можете выбирать миссии, в которых хотите участвовать, практически в любой момент времени. Есть три хозяина, для которых вы можете принимать миссии. В зависимости от вашего выбора доверие каждого из них к вам увеличивается или уменьшается. Игра позволяет использовать алхимию, с помощью которой вы можете создавать собственное снаряжение, например, зелья силы и дымовые шашки. Shinobido также предоставляет вам собственное убежище, вокруг которого вы можете разместить декоративные элементы, такие как различные деревья, а также ловушки, чтобы отразить вторжение врагов.
Действие игры происходит в японской провинции Утаката в 16 веке. Вы берете на себя роль ниндзя Го, единственного выжившего из клана Адзука, который обнаруживает себя в бессознательном состоянии лежащим у реки, полностью потеряв память. Найдя магический камень, содержащий крошечные фрагменты событий, произошедших до его пробуждения, он решает, что единственный способ узнать больше о своем прошлом - это локализовать оставшиеся камни.