Мара Руссо, безстрашний лідер піратів Бухти Черепа, одного разу вирішила розсудитись. Вона вийшла заміж за Маркуса де Леона, губернатора Піратських островів, і вони народилася дочка Катарина. Губернатор завжди хотів захистити її від небезпек піратського життя – особливо після того, як її мати безслідно зникла. Але коли безжальний капітан Хоук починає тероризувати острови зі своєю бандою, Багряною гвардією, Катаріна розуміє, що має знайти спосіб зупинити його за всяку ціну.
Пірати: The Legend of Black Kat - це екшн-гра, що складається з двох основних режимів: плавання та дослідження суші. Під час плавання корабель Катарини стикається з ворожими судами і може вступати до морських боїв. Гравець повинен досліджувати острови пішки, щоб знайти спеціальні предмети, які відкривають нові області на карті. Кожен острів являє собою досить лінійну область з ворогами, що з'являються, що перешкоджають просуванню Катарини. Гравець також може знаходити ключі, що дозволяють відкривати скрині зі скарбами та шукати різні предмети для колекціонування.