У цій версії гри Sonic Unleashed Еггману вдається перемогти Соніка, використовуючи величезну силу Смарагдів Хаосу, щоб заманити його в пастку. Унаслідок потужної атаки планета розлетілася на шматки, а з її глибин вирвалася загадкова темна істота на ім'я Темна Гея. Еггман залишає Соника в пастці на розбитій планеті разом зі спустошеними Смарагдами Хаосу. Тепер Соніку належить дістати і зарядити розряджені Смарагди Хаосу, врятувати планету, повернути Темну Гайю і назавжди перемогти Еггмана.
У грі є як денні рівні, де основна увага приділяється швидкості Соніка, так і нічні, де більше уваги приділяється бою, оскільки Сонік перетворюється на страшного на вигляд, але потужного звіра Werehog, як побічний ефект атаки Смарагдів Хаосу, від якої він постраждав.