В этой версии игры Sonic Unleashed Эггману удается победить Соника, используя огромную силу Изумрудов Хаоса, чтобы заманить его в ловушку. В результате мощной атаки планета разлетелась на куски, а из ее глубин вырвалось загадочное темное существо по имени Темная Гея. Эггман оставляет Соника в ловушке на разбитой планете вместе с опустошенными Изумрудами Хаоса. Теперь Сонику предстоит достать и зарядить разряженные Изумруды Хаоса, спасти планету, вернуть Темную Гайю и навсегда победить Эггмана.
В игре есть как дневные уровни, где основное внимание уделяется скорости Соника, так и ночные, где больше внимания уделяется бою, поскольку Соник превращается в страшного на вид, но мощного зверя Werehog, как побочный эффект атаки Изумрудов Хаоса, от которой он пострадал.