Дія гри Jedi Alliance розгортається між епізодами Star Wars Episode II: Attack of the Clones і Star Wars Episode III: Revenge of the Sith і ґрунтується на історії Війн клонів. Вантаж кристалів для світлових мечів було вкрадено. Ви повинні з'ясувати, хто відповідальний за цей напад і яка їхня мета.
Ви обираєте пару джедаїв і використовуєте командну роботу для розв'язання головоломок, перемоги над ворогами і виконання завдань. Стосунки між джедаями визначають здібності та ефективність команди, вимагаючи від гравця розвитку цих стосунків. Гра майже повністю керується за допомогою сенсорного екрана, потрібна тільки одна додаткова кнопка - для використання Сили.