Действие игры Jedi Alliance разворачивается между эпизодами Star Wars Episode II: Attack of the Clones и Star Wars Episode III: Revenge of the Sith и основывается на истории Войн клонов. Груз кристаллов для световых мечей был украден. Вы должны выяснить, кто ответственен за это нападение и какова их цель.
Вы выбираете пару джедаев и используете командную работу для решения головоломок, победы над врагами и выполнения заданий. Отношения между джедаями определяют способности и эффективность команды, требуя от игрока развития этих отношений. Игра почти полностью управляется с помощью сенсорного экрана, требуется только одна дополнительная кнопка - для использования Силы.