Майстер підбору гри
Рю Хябуса знову повертається. Дія гри відбувається через шість місяців після подій Ninja Gaiden Black, Хябуса має врятувати ніндзя на ім'я Момідзі з лап злісного клану ніндзя "Чорний павук" та їхнього лідера Обади. Дорогою Рю має дізнатися секрети Темних Драконячих Каменів та їхній зв'язок з Оком Дракона, яким Обада сподівається заволодіти, щоб вивільнити стародавнє зло на ім'я Іштарос.
Ігровий процес складається з тримання DS як книжку, використання пера-стилуса, натискання на екран для переміщення і використання пера для нанесення косих ударів по ворогах і малювання символів для використання проти них магії під назвою Ninpo. Кнопки на DS використовуються для захисних стійок.
