Рю Хябуса снова возвращается. Действие игры происходит через шесть месяцев после событий Ninja Gaiden Black, Хябуса должен спасти ниндзя по имени Момидзи из лап злобного клана ниндзя "Черный паук" и их лидера Обады. По пути Рю должен узнать секреты Темных Драконьих Камней и их связь с Глазом Дракона, которым Обада надеется завладеть, чтобы высвободить древнее зло по имени Иштарос.
Игровой процесс состоит из держания DS как книгу, использования пера-стилуса, нажатия на экран для перемещения и использования пера для нанесения косых ударов по врагам и рисования символов для использования против них магии под названием Ninpo. Кнопки на DS используются для защитных стоек.