Майстер підбору гри
Ця частина серії Pokémon Mystery Dungeon знову ставить гравця в роль людини, яка перетворилася на покемона і втратила пам'ять. Цього разу персонаж гравця потрапляє в селище Серен, де його зараховують до місцевої школи і знайомить з проблемним однокласником, який стає їхнім близьким другом. Зрештою вони залишають дім, щоб приєднатися до Експедиційного товариства в Жвавому місті, де до них починають доходити чутки про зловмисну силу, що перетворює покемонів на камінь. Звідти діти починають пригоду, яка не тільки вирішить долю світу, але і розкриє правду про їх таємниче минуле.
У цій грі з'явилися камені під назвою емера, які можна помістити в утримувану петлю, щоб отримати корисні ефекти, такі як баффи і мега-еволюція. Система дошки оголошень для виконання місій замінена на Сферу зв'язку, яка постійно відкриває нові завдання, коли з'являється більше покемонів, з якими можна подружитися. Це також служить механікою рекрутингу в грі, і дозволяє гравцеві додавати в свою команду головних героїв з минулих ігор Pokémon Mystery Dungeon. Також можна відвідати певні локації з попередніх ігор.
