В этой части серии игр Pokémon Mystery Dungeon игрок снова играет роль человека, который превратился в покемона и потерял память. На этот раз персонаж оказывается в деревне Сирен, где его зачисляют в местную школу и он встречает одноклассника, который становится его близким другом. В конце концов они покидают дом, чтобы присоединиться к обществу экспедиции в Живом городе, где до них доходят слухи о злой силе, превращающей покемонов в камень. Оттуда дети начинают приключение, которое не только решит судьбу мира, но и откроет правду об их загадочном прошлом.
Среди новых возможностей этой игры - камни, называемые эмерами, которые можно поместить в удерживаемую петлю для получения полезных эффектов, таких как баффы и мегаэволюция. Система доски объявлений, использовавшаяся в серии для прохождения миссий, заменена на Сферу Связи, которая постоянно открывает новые задания по мере того, как больше покемонов становятся друзьями. Это также служит механизмом найма в игре и позволяет игроку добавлять в свою команду главных героев из прошлых игр Pokémon Mystery Dungeon. Также можно посетить некоторые места из предыдущих игр.