У 1945 році двом високопоставленим членам нацистського режиму усташів у маріонетковій Незалежній Державі Хорватія вдається втекти з країни з величезною кількістю хорватського майна часів Голокосту якраз перед тим, як війська союзників за допомогою партизанських загонів увійшли в Загреб і Белград. Хорватія припиняє своє існування як незалежна держава, і партизани створюють нову Югославію. Двох колишніх хорватських урядовців ніде не знаходять.
Шістдесят років потому, у 2005 році, елітний багатонаціональний контртерористичний підрозділ "Райдуга" розслідує серію нападів неофашистських терористів на південноамериканські нафтові інтереси та європейські фінансові установи. Загін залучається для встановлення їх місцезнаходження та з'ясування того, хто в кінцевому рахунку стоїть за цими інцидентами.
Врешті-решт "Райдуга" відстежує джерело атак в Аргентині, де до них причетні бізнесмен-мільярдер хорватського походження Нікола Госпіч та ультраправий кандидат в президенти Аргентини Альваро Гутьєррес. Рейнбоу дізнається, що Госпіч - утікач з Усташі, один з двох чоловіків, які втікають з награбованим під час Голокосту у початковій сцені гри. Помираючи від раку печінки, Госпіч планує залишити світові останню спадщину ненависті часів Другої світової війни, використавши своє величезне багатство для відродження світового фашизму. З цією метою він придбав великі запаси хімічної зброї, в тому числі нервово-паралітичного газу VX і газу у формі пухирців.