В 1945 году двум высокопоставленным членам поддерживаемого нацистами режима "усташей" в марионеточном Независимом государстве Хорватия удается бежать из страны с огромным количеством хорватской добычи времен Холокоста, как раз перед тем, как войска союзников с помощью партизанских отрядов входят в Загреб и Белград. Хорватия перестает существовать как независимое государство, и партизаны создают новую Югославию. Двух бывших хорватских чиновников нигде не нашли.
Шестьдесят лет спустя, в 2005 году, элитное многонациональное контртеррористическое подразделение Rainbow расследует серию нападений неофашистских террористов на нефтяные интересы Южной Америки и европейские финансовые учреждения. Отряду поручено установить их местонахождение и выяснить, кто в конечном итоге стоит за этими инцидентами.
В итоге Рэйнбоу выводит источник нападений на Аргентину, где к ним причастны бизнесмен-миллиардер хорватского происхождения Никола Госпич и кандидат в президенты Аргентины от ультраправых Альваро Гутьеррес. Рэйнбоу узнает, что Госпич - беглый чиновник усташей, один из двух мужчин, которых показывают в начальной сцене игры, убегающих с добычей Холокоста. Умирая от рака печени, Госпич планирует оставить миру последнее наследие ненависти после Второй мировой войны, используя свое огромное состояние для возрождения мирового фашизма. Для этого он приобрел большой запас химического оружия, включая нервно-паралитический газ VX и кожно-нарывной газ.