Після обучіння в магазині жезлів Олівадера та першої вступної ночі в Хогвартсі, гра організована за різними днями та ночами. Дні переважно складаються з уроків, де зазвичай Гаррі вивчає нові заклинання. Більш цікаві речі трапляються вночі, коли Гаррі крадеться по замку, щоб зробити такі речі, як зустріч з Драко Малфоєм на дуель, боротьба з тролем у підземеллях та інші важливі сцени з фільму та книги.
Більшість завдань пов’язані з секціями платформи, де Гаррі повинен перестрибувати пропасті та балансувати по краях. Часто істоти будуть на шляху, з яким потрібно боротися, використовуючи правильні заклинання, і магія також повинна використовуватися для вирішення випадкових головоломок. Вночі Гаррі повинен стежити за префектами, які патрулюють підлоги замку, щоб уникнути відправлення назад у загальну кімнату. У грі також летить мітла, включаючи матч з квідичу проти Слізерину.
Після занять Хогвартс можна вільно досліджувати. У будь-який час можна переглянути шкільні уроки, щоб отримати кращі оцінки, часто це можливо лише після вивчення деяких більш досконалих заклинань. Крім того, багато предметів колекціонування можна знайти як на відкритих, так і на прихованих ділянках: збір 20 карт-майстрів покращує здоров’я Гаррі, а квасоля Every Flavor Beans можна торгувати у магазині Фреда та Джорджа, щоб отримати більше карток та деякі інші корисні речі.