После обучения в Магазине Жезлов Олливандера и вводной премьеры в Хогвартсе игра разбита на отдельные дни и ночи. Дни в основном состоят из уроков, на которых Гарри обычно изучает новые заклинания. Более интересные вещи, конечно же, происходят ночью, когда Гарри крадется по замку, чтобы сделать что-то вроде встречи с Драко Малфоем на дуэли, битвы с троллем в подземельях и других важных сцен из фильма и книги.
Большинство задач связаны с участками платформы, где Гарри должен перепрыгивать пропасти и балансировать по краям. Часто существа будут на пути, с которым нужно сражаться, используя правильные заклинания, и магию также необходимо использовать для решения случайных головоломок. Ночью Гарри должен следить за старостами, патрулирующими этажи замка, чтобы его не отправили обратно в общую комнату. В игре также есть полет на метле, в том числе матч по квиддичу против Слизерина.
После уроков можно свободно исследовать Хогвартс. В любое время можно вернуться к школьным урокам, чтобы получить более высокие оценки, часто это возможно только после изучения некоторых более сложных заклинаний. Кроме того, множество предметов коллекционирования можно найти как в открытых, так и в скрытых областях: сбор 20 карт волшебников увеличивает здоровье Гарри, а каждый ароматный боб можно обменять в магазине Фреда и Джорджа на дополнительные карты и некоторые другие полезные предметы.