Гаррі Поттер і Таємна кімната "розповідає про подвиги Гаррі під час його другого року навчання в школі чарівництва Хогвартс. Під час навчання однокласників Гаррі наздоганяє таємничий параліч, і Гаррі повинен розібратися в тому, що відбувається.
У грі Гаррі даються завдання, які він повинен виконати, а також він повинен ходити на заняття, щоб вивчати заклинання. У грі також є кілька міні-ігор, таких як гра в квідич, занурення гномів в воду і збір карт чарівників.
Час від часу Гаррі буде опинятися в бойових ситуаціях. Одночасно Гаррі може використовувати до трьох різних заклинань. Якщо гравець може змусити Гаррі вимовити заклинання з правильним часом, то заклинання буде потужнішим, ніж зазвичай.
Версія для PlayStation 2 була перенесена Electronic Arts, а не Eurocom, яка розробляла версії для інших консолей, тому версія для PS2 має деякі помітні відмінності, але в іншому велика частина гри залишилася колишньою. Серед відмінностей PS2-версії гри - більш низький рівень складності, а також те, що коли Гаррі летить на мітлі, він може приземлитися на неї в будь-якому місці, а не тільки в спеціально відведених для цього місцях. До речі, про відмінності платформ: у версії для GameCube є ексклюзивна функція, що дозволяє гравцеві підключитися до гри на GBA і розблокувати нову карту чарівника.