Гарри Поттер и Тайная комната" рассказывает о подвигах Гарри во время его второго года обучения в школе чародейства и волшебства Хогвартс. Во время обучения одноклассников Гарри настигает таинственный паралич, и Гарри должен разобраться в происходящем.
В игре Гарри даются задания, которые он должен выполнить, а также он должен ходить на занятия, чтобы изучать заклинания. В игре также есть несколько мини-игр, таких как игра в квиддич, окунание гномов в воду и сбор карт волшебников.
Время от времени Гарри будет оказываться в боевой ситуации. Одновременно Гарри может использовать до трех различных заклинаний. Если игрок может заставить Гарри произнести заклинание с правильным временем, то заклинание будет более мощным, чем обычно.
Версия для PlayStation 2 была портирована Electronic Arts, а не Eurocom, которая разрабатывала версии для других консолей, поэтому версия для PS2 имеет некоторые заметные отличия, но в остальном большая часть игры осталась прежней. Среди отличий PS2-версии игры - более низкий уровень сложности, а также то, что когда Гарри летит на метле, он может приземлиться на нее в любом месте, а не только в специально отведенных для этого местах. Кстати, о различиях платформ: в версии для GameCube есть эксклюзивная функция, позволяющая игроку подключиться к игре на GBA и разблокировать новую карту волшебника.